林奇综合征相关基因大片段重排检测

林奇综合征（Lynch syndrome，LS）亦称为遗传性非息肉病性结直肠癌，是DNA错配修复（MMR）基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和上皮细胞黏附分子（EPCAM）基因有害胚系突变所引起的常染色体显性遗传病^[1]。

2024CSCO结直肠癌诊疗威廉亚洲博彩公司 推荐所有结直肠癌患者进行Lynch综合征遗传基因筛查，即对MSH2、MLH1、MSH6和PMS2基因进行外显子测序和大片段缺失分析^[2]。2024CSCO子宫内膜癌诊疗威廉亚洲博彩公司 也推荐检测MMR基因（MLH1、MSH2、MSH6和PMS2）和EPCAM基因胚系点突变和大片段缺失检测，辅助LS筛查^[3]。

图1 CSCO威廉亚洲博彩公司 推荐Lynch综合征家系遗传基因筛查方案

一、林奇综合征相关基因大片段重排变异

既往报道，约70%-90%的LS病例可归因于MSH2或MLH1突变，10%-30%的LS病例归因于PMS2和MSH6突变，不超过3%的LS病例可能归因于EPCAM突变^[4]。除发生频率外，上述基因的不同变异类型占比也差异显著。约30%的MLH1和MSH2基因变异为大片段重排^[6]，其余为点突变或小片段插入缺失。PMS2和MSH6基因主要为点突变或小片段插入缺失，大片段重排相对少见。而EPCAM基因则几乎全部为大片段重排变异。

一项大队列研究入组了4195例中国结直肠癌患者，采用NGS和MLPA等方法学检测MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM基因变异。115例患者确诊为LS，其中MLH1基因占比为39.1%，MSH2为33.9%，MSH6为12.2%，PMS2为9.6%，MSH2伴EPCAM或者单独EPCAM为5.2%。需要指出的是，82.6%患者携带MMR基因点突变或小片段插入缺失变异，17.4%患者为大片段重排变异。大片段重排变异占比因基因而不同，PMS2基因为27.3%（3/11），MSH2/EPCAM基因为26.7%（12/45），MLH1基因为11.1%（5/45），MSH6基因为0^[5]。

图2 MMR基因和EPCAM基因的大片段重排变异占比

一项临床研究入组了78例中国结直肠癌患者，其中45例具有肿瘤家族史（21例符合阿姆斯特丹标准，24例不符合），20例为青年患者，13例为散发患者。外周血样本检测MSH2和MLH1基因大片段重排变异，9例（11.5%）检出阳性，其中4例为MLH1基因（3例重复和1例缺失），5例为MSH2基因（5例均为缺失）^[6]。

图3 9例结直肠癌患者检出MLH1或MSH2基因大片段重排

有研究表明，EPCAM基因3’端大片段缺失可导致MSH2启动子高度甲基化，从而引起MSH2基因表达异常，也可导致LS发生^[7]。另外，MSH2基因突变也可以导致MSH2蛋白表达异常。一项临床研究入组了69例MSH2蛋白表达异常的中国结直肠癌患者。基因检测提示，45例患者因携带MSH2或EPCAM基因胚系有害变异而确诊为LS。其中，12例（26.7%）为大片段重排变异，包括6例MSH2大片段缺失、2例EPCAM大片段缺失以及4例MSH2/EPCAM大片段共缺失^[8]。

图4 12例MSH2表达异常的结直肠癌患者检测MSH2或EPCAM基因大片段重排

国外一项2005年临床研究入组了439例LS患者（阿姆斯特丹II型LS诊断标准），既往MSH2、MLH1、MSH6和PMS2基因点突变为阴性。Southern Blot分析提示，68例患者检出大片段重排变异，其中MSH2基因48例，MLH1基因14例，PMS2基因4例，MSH6基因2例。具体的缺失范围如下图所示^[9]。

图5 68例LS患者检出48种基因重排变异，主要为MSH2和MLH1基因

二、LS相关基因大片段重排检测

大片段重排（large genomic rearrangement，LGR）是指数百至数百万个碱基片段的重复或缺失，常累及一个或多个外显子。重排类型大部分为基因片段的缺失，也存在二倍重复、三倍重复或复杂型缺失插入。这些改变往往引起读码框移，导致突变的肽链结构与功能的异常^[10]。

《基于下一代测序技术的BRCA1/2基因检测威廉亚洲博彩公司 （2019版）》指出，多重连接探针扩增技术（MLPA）是目前应用最广泛的LGR检测方法，如NGS方法未检测到致病点突变或小片段插入缺失时，推荐继续进行LGR的检测（尤其是有相关肿瘤家族史的人群）。MLPA主要采用血液样本进行胚系突变的检测。此外，部分经过特殊设计并严格验证的NGS方法在检测突变的同时也可以检测LGR^[11]。

图6 专家共识推荐MLPA和经验证的NGS方法检测LGR变异

我司实体瘤1299基因检测、实体瘤272基因检测PLUS版、肠癌129基因检测以及子宫内膜癌118基因检测等，均覆盖了MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、EPCAM、BRCA1、BRCA2、VHL、FH等基因的全部外显子区。项目采用的NGS方法，血细胞平均测序深度≥500X，同时构建了上述基因的CNV基线，并综合分析断点位置，检测LGR变异。目前，已通过LGR变异标准品验证，性能可靠，可以同步检测点突变、小片段插入缺失变异和LGR变异，全面辅助LS和其他肿瘤相关遗传病的诊断及遗传风险评估。需要注意是，优先送检肿瘤组织+对照血样本，若肿瘤组织不可及，也可以单独送检外周血（游离DNA管装，10ml）。

图7 NGS方法检出MSH2基因3-8号外显子缺失变异

图8 NGS方法检出EPCAM基因8号和9号外显子缺失变异

参考文献：

[1]王雅卓,康玉,徐丛剑,等.林奇综合征相关妇科恶性肿瘤综合管理中国专家共识(2025年版)[J].肿瘤学杂志, 2025, 31(1):2-14.DOI:10.11735/j.issn.1671-170X.2025.01.B001.

[2]中国临床肿瘤学会威廉亚洲博彩公司 工作委员会.中国临床肿瘤学会（CSCO）结直肠癌诊疗威廉亚洲博彩公司 2024[M].北京：人民卫生出版社，2024.

[3]中国临床肿瘤学会威廉亚洲博彩公司 工作委员会.中国临床肿瘤学会（CSCO）子宫内膜癌诊疗威廉亚洲博彩公司 2024[M].北京：人民卫生出版社，2024.

[4]Cohen, Stephanie A, and Anna Leininger. “The genetic basis of Lynch syndrome and its implications for clinical practice and risk management.” The application of clinical genetics vol. 7 147-58. 22 Jul. 2014, doi:10.2147/TACG.S51483

[5]Dong, Lin et al. “Distinct clinical phenotype and genetic testing strategy for Lynch syndrome in China based on a large colorectal cancer cohort.” International journal of cancer vol. 146,11 (2020): 3077-3086. doi:10.1002/ijc.32914

[6]Zhu, Ming et al. “Large genomic aberrations in MSH2 and MLH1 genes are frequent in Chinese colorectal cancer.” Cancer genetics and cytogenetics vol. 160,1 (2005): 61-7. doi:10.1016/j.cancergencyto.2004.12.008

[7]中国医师协会妇产科医师分会妇科肿瘤学组,中国初级卫生保健基金会妇科肿瘤专业委员会,张国楠,等.Lynch综合征相关性子宫内膜癌筛查与防治中国专家共识(2023年版)[J].中国实用妇科与产科杂志, 2023.

[8]Dong, Lin et al. “Cytoplasmic MSH2 Related to Genomic Deletions in the MSH2/EPCAM Genes in Colorectal Cancer Patients With Suspected Lynch Syndrome.” Frontiers in oncology vol. 11 627460. 14 May. 2021, doi:10.3389/fonc.2021.627460

[9]van der Klift, Heleen et al. “Molecular characterization of the spectrum of genomic deletions in the mismatch repair genes MSH2, MLH1, MSH6, and PMS2 responsible for hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC).” Genes, chromosomes & cancer vol. 44,2 (2005): 123-38. doi:10.1002/gcc.20219

[10]张冬洁, 孟桦, 解云涛. 乳腺癌BRCA1/2基因大片段重排的研究进展[J]. 肿瘤防治研究, 2017, 44(9): 622-626. DOI: 10.3971/j.issn.1000-8578.2017.17.0251

[11]《基于下一代测序技术的BRCA1/2基因检测威廉亚洲博彩公司 (2019版)》编写组.基于下一代测序技术的BRCA1/2基因检测威廉亚洲博彩公司 (2019版)[J].中华病理学杂志, 2019, 48(09):670-677.DOI:10.3760/cma.j.issn.0529-5807.2019.09.002.